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Text File  |  1993-08-26  |  3.3 KB  |  84 lines
  1. INDEX
  2.  
  3. 1 - General
  4. 2 - Brief description
  5. 3 - Installation
  6. 4 - Using GNUPLOT with GEPASI
  7.  
  8. ======================================================================
  9. 1 - General
  10.  
  11. This is GEPASI 2.0, a general purpose simulator of metabolic pathways.
  12. It is a directed towards research and education; it is meant to be a
  13. very useful tool for modelling biochemical pathways, chemical 
  14. reactions,etc. GEPASI is free software covered by the GNU general
  15. public license, version 1.
  16.  
  17. This version of GEPASI runs under MS-Windows 3.0 and 3.1 in 386
  18. enhanced mode, on 80386SX and above microprocessors. A maths
  19. co-processor is not needed but should accelerate the simulations by at
  20. least a factor of 10.
  21.  
  22. ======================================================================
  23. 2 - Brief description
  24.  
  25. In order to simulate bichemical pathways, the user must first define
  26. the reactions that are part of the pathway, all its parameters and 
  27. initial concentrations of the metabolites (chemical species). GEPASI
  28. then determines the dynamics and steady state (if there is one),
  29. including the coefficients defined in Metabolic Control Analysis.
  30. GEPASI can be used to study metabolic regulation, chemical and enzyme
  31. kinetics including oscillatory (limit cycle) and chaotic reactions.
  32.  
  33. The file GEPASI.WRI contains a cut-down version of a paper to appear
  34. in "Modern trends in Biothermokinetics", edited by J.-P. Mazat, S.
  35. Schuster and M. Rigoulet and published by Plenum Press with a short
  36. description of GEPASI. Another more detailed paper will shortly appear
  37. in the journal "Computer Applications in the Biosciences".
  38.  
  39. For more detailed information see the help file (GEPASI.HLP). The 
  40. subjects of metabolic simulation and metabolic control analysis are 
  41. discussed in the mailing list btk-mca. To subscribe to this list send
  42. a mail message to biosci@net.bio.net, post to the list to 
  43. btk-mca@net.bio.net. Alternatively this list can be accessed via the
  44. usenet newsgroup bionet.metabolic-reg
  45.  
  46. ======================================================================
  47. 3 - Installation
  48.     
  49.    a) from a disk
  50.  
  51.       1 - put the installation disk in one drive (for example A:)
  52.       2 - In MS-Windows' Program Manager select File-Run and enter
  53.           A:SETUP.EXE
  54.  
  55.    b) from the zip file
  56.      
  57.       1 - unzip all files to a disk or directory
  58.       2 - In MS-Windows' Program Manager select File-Run and enter
  59.           A:SETUP.EXE (or the complete path where you've unzipped
  60.           the files to)
  61.  
  62. ======================================================================
  63. 4 - Using GNUPLOT with GEPASI
  64.  
  65.   To facilitate and speed up the production of plots of the data
  66. generated by GEPASI, this can link to the popular freeware program
  67. GNUPLOT. GNUPLOT has been included in GEPASI's distribution disks.
  68. If you obtained GEPASI from an on-line archive or a CD-ROM then you
  69. need to get GNUPLOT as well; look in directories named 'windows3' or
  70. 'plot'.
  71.  
  72. Instructions to make GEPASI aware of your copy of GNUPLOT (not needed
  73. for the diskette version):
  74.  
  75. after installing GNUPLOT,
  76.  
  77. 1 - In GEPASI - Simulation, select Plot...
  78. 2 - after pressing OK, find the file WGNUPLOT.EXE in the directory
  79.     where you've installed GNUPLOT, select it and press ENTER.
  80. 3 - from now on use Plot... to make your plots!
  81.  
  82. GEPASI 2.0 (c) 1989,1992,1993 by Pedro Mendes.
  83. prm@aber.ac.uk
  84.